Село Микшино впервые упоминается в писцовой книге 1545 года, где отмечается наличие деревянной церкви во имя святых Иоакима и Анны. В результате военных действий и последующего запустения, во второй половине XVII века село было заселено переселенцами-карелами из Приладожья.
В 1768 году в Микшино из села Знаменское Новоторжского уезда была перевезена деревянная Троицкая церковь. В 1845 году на её месте была построена каменная Троицкая церковь в классическом стиле, с приделами святых Иоакима и Анны и святых Козьмы и Дамиана. К 1871 году, к западу от Троицкой церкви, была возведена каменная Сретенская церковь, ставшая зимним храмом прихода.
Сретенская церковь представляет собой пример неоклассической архитектуры. В 1881 году территория храмового комплекса была обнесена оградой с воротами и сторожкой, а в 1894 году был перестроен третий ярус колокольни.
В 1938 году, в период антирелигиозной политики советского государства, Сретенская церковь была закрыта, внутреннее убранство разграблено, и здание использовалось для хозяйственных нужд, включая размещение дизельных генераторов, что привело к значительным повреждениям стен и утрате росписей.
