История храмового строительства в Балаганске восходит к 1654 году, когда на земле бурятского племени булагатов был основан острог и построена первая церковь. В 1710 году из-за тесноты и обветшания первоначального храма возведен новый деревянный храм во имя Рождества Христова. В 1728 году на его месте заложен каменный храм во имя Спаса Нерукотворного Образа, строительство которого завершилось в 1787-1796 годах. В 1803 году при храме открыта приходская школа, а в 1872 году указом Синода церковь получила статус соборной.
В XX веке, после революционных событий, все храмы Балаганска были закрыты и разрушены. Исторический поселок оказался затоплен при создании Братского водохранилища, новый Балаганск построен в 45 км от первоначального местоположения. До начала XXI века на территории поселка и района не сохранилось ни одного действующего храма.
11 июня 2016 года совершена закладка нового храма в честь Рождества Иоанна Предтечи. 7 июля 2019 года в строящемся храме совершена первая Литургия. Великое освящение храма состоялось 7 июля 2022 года в день престольного праздника. Храм стал первым возведенным в Балаганском районе за последнее столетие.