Первое упоминание о храме в селе Стефанидинодар относится к 1870-м годам. Деревянная церковь с тремя куполами и колокольней была построена на средства прихожан. На церковном подворье находилось кирпичное помещение для приюта нищих. Этот храм пережил Октябрьскую революцию и Гражданскую войну, но был разрушен во второй половине 1930-х годов.
В период после распада СССР верующим села был выделен дом для организации молитвенного помещения. Современный этап истории храма начался в 2009 году с закладки памятного камня на месте будущей церкви. Строительство велось три года при поддержке казачьего общества «Всевеликое Войско Донское». В 2012 году деревянный храм был освящён в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
Архитектурные решения нового храма соответствуют традициям русского деревянного зодчества. Церковь построена по канонам православной храмовой архитектуры с соблюдением всех необходимых элементов: алтаря, притвора и средней части. Иконостас выполнен в соответствии с церковными традициями.
При храме действует воскресная школа, где проводятся занятия по основам православной веры. На территории церковного подворья организованы занятия по традиционным боевым искусствам в школе «Спас». С 2016 года здесь регулярно проводятся детские военно-патриотические сборы.
Храм относится к Азовскому благочинию Ростовской и Новочеркасской епархии Русской Православной Церкви. Богослужения совершаются согласно церковному уставу. Престольный праздник отмечается 21 сентября по новому стилю в день Рождества Пресвятой Богородицы.