Село Высокая Гора было основано в 80-е годы XVI века. Первоначально оно являлось дворцовым, а с 1630 года перешло во владение Казанского Успенского Зилантова монастыря. Деревянная церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы существовала в селе с конца XVI века. Царские врата из этого храма сохранились до начала XX века и в 1912 году были переданы в Казанский музей церковной археологии.
Строительство каменного трехпрестольного храма началось в 1881 году по инициативе священника Николая Ивановича Сельского. Основным благотворителем выступил казанский купец Степан Сергеевич Суслов, уроженец села Высокая Гора. Храм был завершен в 1886 году. Правый придел освящен во имя Святителя Николая Чудотворца, левый — во имя мучеников Флора и Лавра. Архитектурный стиль здания сочетает элементы псевдорусского и византийского направлений.
Главной святыней храма являлся чтимый список Владимирской иконы Божией Матери. По местному преданию, после крестного хода с этой иконой в 1848 году в приходе прекратилась эпидемия холеры. В храме также находились деревянные царские врата, перенесенные из первоначальной церкви конца XVI века.
В 1931 году с храма были сняты купола, а в 1936 году он был закрыт. В советский период здание использовалось как склад, магазин и мастерская. В 1994 году начался процесс восстановления храма. 11 января 1997 года на купол был установлен крест, а 21 сентября 2006 года состоялось великое освящение восстановленного храма, которое совершил архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий.