Храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы в селе Верхний Карабут был построен в 1860 году и освящён 7 ноября того же года. Здание выполнено в камне, с колокольней, и относится к типу приходских храмов, характерных для Воронежской губернии середины XIX века. Архитектурные особенности включают рустовку на углах первого этажа и стрельчатые арки над окнами и дверьми, что свидетельствует о влиянии эклектики с элементами неорусского стиля.
В дореволюционный период храм являлся духовным центром слободы Верхний Карабут, входившей в Острогожский уезд. По данным на 1900 год, приход насчитывал 1377 человек. При храме действовала церковно-приходская школа, где в 1906 году обучалось 37 детей. Земельные угодья храма составляли 33 десятины пахотной земли.
В конце 1930-х годов, в период антирелигиозных кампаний, храм был закрыт. Колокольня, купольный барабан и купол были разрушены в неизвестный год. Внутреннее убранство утрачено: сбита штукатурка, отсутствовали престол, иконостас и пол. В советский период здание использовалось как зернохранилище, а в годы Великой Отечественной войны служило огневой точкой.
29 июля 2006 года участники крестного хода из Белогорского монастыря в Костомаровский начали расчистку завалов в храме. На следующий день был отслужен первый за десятилетия молебен с акафистом Рождеству Пресвятой Богородицы. Восстановительные работы продолжались до 2010 года: выполнена бетонная стяжка крыши, залиты полы, установлены временный иконостас и престол.
В настоящее время храм действует, богослужения совершаются по воскресным дням и двунадесятым праздникам. Здание сохраняет статус памятника церковной архитектуры Подгоренского района, демонстрируя характерные черты храмостроения второй половины XIX века в Черноземье.