Храм Рождества Пресвятой Богородицы в посёлке городского типа Малиновский был основан по инициативе местных верующих. Первое собрание общины состоялось 10 февраля 1991 года в помещении дома культуры посёлка. На собрании присутствовали глава администрации и директор местного леспромхоза. Было принято решение о строительстве храма и избран церковный совет.
Под строительство храма администрация выделила участок с домом по улице Центральной, 12. Место было низменным, потребовалось два года для отсыпки территории песком. Строительные материалы предоставили местные лесопромышленные предприятия: Малиновский, Алябьевский, Пионерский и Таёжный леспромхозы. Основной этап строительства проходил с 1995 по 1997 год.
Первые богослужения совершались в небольшом доме на месте будущего храма. На большие праздники приезжали священники из Тобольска, которые совершали таинства крещения, венчания, отпевания и другие требы. В 1997 году к храму была пристроена колокольня, а в 2001 году приобретён дом для священника.
С 2002 года при храме действуют воскресная школа и библиотека. Богослужения совершаются регулярно по воскресным и праздничным дням. Архиепископ Тобольский и Тюменский Димитрий посещал приход в 1997, 1998 и 2004 годах.