Получив благословение от епископа Таганрогского Иосифа (Чернова), он приобрел небольшой дом по адресу 1-я Линия, 152, в районе Северного поселка.После освобождения Таганрога 30 августа 1943 года, совпавшего с праздником Рождества Пресвятой Богородицы, в адаптированном помещении начались богослужения.
В последующие годы, благодаря усилиям игумена Селафиила и местных жителей, было возведено новое здание церкви, увенчанное крестом. В 1953 году игумен Селафиил был арестован по доносу и осужден на десять лет заключения. После его освобождения он проживал в Ростове-на-Дону, где вскоре скончался.
Несмотря на репрессии, храм продолжал функционировать. В последующие десятилетия настоятели и прихожане прилагали усилия по благоустройству церкви: была построена небольшая колокольня, установлен купол, приобретены колокола.
В 2005 году при храме была основана детская воскресная школа. С 2006 года действует таганрогский медико-просветительский центр «Трезвение». В 2012 году приход приобрел соседний участок земли и начал строительство нового здания воскресной школы площадью 600 кв.м. При храме также функционируют богословский клуб «Благовест» и православный дискуссионный клуб.
