Храм Рождества Пресвятой Богородицы в селе Смышляево был первоначально возведен как молитвенный дом во имя святого мученика Иоанна Воина. Разрешение на его строительство было получено по указу №1938 Томской Духовной Консистории от 29 июня 1880 года. Четыре месяца спустя, 31 октября 1880 года, был выдан план на построение. Молитвенный дом был построен усердием жителей деревни и освящен 31 января 1884 года.
В дальнейшем храм получил наименование в честь Рождества Пресвятой Богородицы, вероятно, после построения нового придела. Церковь была срублена из вековой лиственницы и располагалась в центре села на возвышенности. В 1930-е годы, в период воинствующего атеизма, храм был закрыт, колокола сняты с колокольни, а иконы изъяты и частично сохранены местными жителями.
Возрождение храма началось 21 сентября 2014 года, когда в день празднования Рождества Пресвятой Богородицы был отслужен молебен на месте строительства нового храма. Строительные работы велись интенсивно: в октябре-ноябре 2014 года был залит фундамент и установлен металлический каркас. В декабре того же года купола храма были воздвигнуты над селом.
18 июня 2015 года в храм был доставлен дубовый иконостас, изготовленный в столярной мастерской Курского Свято-Троицкого храма. Иконы для иконостаса были написаны по канонам древнерусского иконного письма XIV-XVI веков. Колокола для колокольни отливались на колокольной фирме «Пятков и К» с соблюдением традиционных технологий уральских мастеров.
12 сентября 2015 года состоялось освящение храма, которое совершил митрополит Кемеровский и Прокопьевский. Храм был возведен на средства президента холдинга «Сибирский Деловой Союз», уроженца села Смышляево. Новый храм рассчитан на 100 прихожан и расположен в центре населенного пункта рядом с другими социальными объектами.