История прихода восходит к 1526 году, когда в устье реки Нивы был построен первый деревянный храм, освящённый в честь Рождества Иоанна Предтечи.Это событие ознаменовало начало христианизации региона и стало основой для формирования поселения, впоследствии ставшего городом Кандалакша.В 1548 году при храме был основан Кандалакшский монастырь.Однако 23 мая 1589 года храм, монастырь и прилегающая волость были разрушены в результате нападения шведских войск, в ходе которого погибло около 450 человек.
После разрушения храм был восстановлен и в 1768 году началось строительство новой деревянной церкви, завершённое в 1801 году. Этот храм просуществовал до 1940 года, когда был закрыт в рамках антирелигиозной кампании. В последующие годы здание храма было утрачено.
В 2000 году было принято решение о строительстве нового храма на близлежащем участке, недалеко от исторического места. Строительство велось на средства прихожан и благотворителей. Новый деревянный храм, выполненный в традиционном шатровом стиле, был освящён 26 марта 2005 года.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание с шатровым завершением и колокольней. Внутреннее убранство включает иконостас и необходимые для богослужений предметы. Храм действует и является центром духовной жизни прихода. При храме функционирует воскресная школа.
