Первый храм в честь Рождества святого пророка Иоанна Предтечи был построен в посёлке Заварзино в 1898 году. Этот деревянный храм являлся приписным к селу Протопопово. В 1924 году в Заварзино была зарегистрирована религиозная община Всероссийского центрального совета (ВВЦС). Однако уже с 1930 года церковь прекратила свою деятельность, что было характерно для многих религиозных учреждений того времени. К 1934 году в храме ещё сохранялось пять колоколов.
После революции 1917 года и последующих антирелигиозных кампаний храм был закрыт и переоборудован в клуб. В 1980-х годах здание пришло в ветхое состояние и было разобрано.
В 2004 году в посёлке Заварзино была вновь создана православная община. Верующие жители посёлка стремились восстановить храм, однако сталкивались с различными трудностями. Место, где ранее располагалась церковь, стало непригодным для строительства из-за изменения русла реки Ушайки, что приводило к затоплению территории во время паводков. В 2011 году была найдена новая площадка для строительства храма.
6 августа 2011 года архиепископ Томский и Асиновский Ростислав совершил закладку нового храма. Спустя год, 6 октября 2012 года, состоялось великое освящение церкви в честь Рождества святого пророка Иоанна Предтечи. Новый храм был построен из дерева, что соответствует традиционной сибирской архитектуре. С момента освящения в храме регулярно проводятся богослужения, привлекая не только местных жителей, но и верующих из соседних населённых пунктов и города Томска.