Храм Рождества Христова в селе Прокудское ведет историю с конца XIX века. Первое упоминание о церковном строении относится к 1896 году, когда была разрешена постройка храма в честь святых апостолов Петра и Павла. Здание было возведено в традициях сибирского церковного зодчества и функционировало как приходской храм Томской губернии.
В период гонений на религию в XX веке храм был закрыт и разрушен. Богослужебная жизнь в селе прервалась на несколько десятилетий. В 1995 году в Прокудском был зарегистрирован православный приход, а в 2000 году он получил официальную регистрацию как местная религиозная организация в составе Каинской епархии Русской Православной Церкви.
Для совершения богослужений приходу было передано кирпичное здание бывшего магазина, которое было переоборудовано под храм. Освящение временного храма состоялось в честь Рождества Христова, что определило его современное название. Архитектурные особенности здания соответствуют его светскому первоначальному назначению.
Приход ведет активную деятельность, включая организацию крестных ходов. В 2015 году состоялся крестный ход с Иверской иконой Божией Матери к месту планируемого строительства нового храма в соседнем населенном пункте. Историческая память о разрушенном Петропавловском храме сохраняется в местной топонимике и церковных документах.
С 2000-х годов храм Рождества Христова в Прокудском числится в реестре религиозных организаций Новосибирской области. Юридический адрес прихода зафиксирован по месту нахождения временного храма. Приход находится в каноническом подчинении Каинской епархии Русской Православной Церкви Московского Патриархата.