В последующие годы храм неоднократно перестраивался: в 1803 и 1847 годах.Однако в 1891 году, в результате пожара, церковь была уничтожена.В 1892 году на её месте была возведена новая деревянная церковь на каменном фундаменте, построенная на пожертвования благотворительницы.Согласно другим источникам, в 1893 году на средства казны и прихожан была построена новая деревянная тёплая церковь с тем же престолом в честь Рождества Христова.
К началу XX века к приходу церкви относились следующие населённые пункты: село Шемурша и деревни Андреевка, Новая Шемурша, Старая Шемурша, Трёх-Изб Шемурша, Малое Буяново, Какерли Шигали. В 1929 году церковь была закрыта, а здание не сохранилось.
В 1991 году церковная община была вновь зарегистрирована. Для проведения богослужений было переоборудовано старое деревянное здание Госбанка. В 2005 году началось строительство нового каменного храма на новом месте.