Храм Рождества Пресвятой Богородицы в Женеве был основан в 1866 году как первый православный храм в Швейцарии. Инициатива его создания принадлежала русской общине, проживавшей в городе. Первоначально богослужения совершались в арендованном помещении, а в 1869 году было завершено строительство отдельного здания.
В 1878 году храм перешёл в ведение Русской Православной Церкви и получил статус подворья. В начале XX века, после революции 1917 года, приход значительно увеличился за счёт русских эмигрантов. В этот период храм стал важным центром духовной жизни русской диаспоры в Швейцарии.
В 1966 году, в связи с деятельностью Всемирного Совета Церквей, храм получил статус представительства Московского Патриархата. Это потребовало расширения его функций, включая участие в межхристианском диалоге. В 1985 году здание храма было полностью реконструировано с сохранением первоначального архитектурного облика.
С 1990-х годов при храме действует воскресная школа, а также проводятся регулярные богослужения на церковнославянском и французском языках. В 2000-х годах была проведена реставрация внутреннего убранства, включая обновление иконостаса и настенных росписей.