Храм преподобных Кирилла и Марии Радонежских в Калининграде был возведен 21 сентября 2011 года в рамках проекта «Семь храмов в семи городах за один день». Данный проект направлен на возрождение древнерусской традиции строительства обыденных храмов, возводимых в течение одних суток. Инициатива получила благословение Патриарха Московского и всея Руси Кирилла и была реализована при участии православных меценатов.
Храм построен в традиционном русском деревянном стиле, с использованием срубной технологии. Он освящен в честь преподобных Кирилла и Марии Радонежских — родителей преподобного Сергия Радонежского. В 2012 году рядом с храмом были открыты центр поддержки семьи, воскресная школа и детская игровая площадка. В том же году в преддверии Пасхи в храме был установлен иконостас.
13 октября 2012 года храм посетил Святейший Патриарх Кирилл, который освятил крест на месте будущего строительства каменного храма в честь преподобного Сергия Радонежского. Деревянный храм преподобных Кирилла и Марии изначально задумывался как временный, однако продолжает функционировать в качестве крестильного храма при строящемся каменном соборе.
Храм расположен на площади Калинина, вблизи Южного вокзала Калининграда, на исторической территории бывшего района Хаберберг. В дореволюционный период здесь находились католический костёл Святого Семейства и лютеранская кирха Святой Троицы, которые в советское время были перепрофилированы под светские учреждения.
В 2017 году деревянный храм преподобных Кирилла и Марии был обновлен. На территории храмового комплекса также располагается приходской дом, где проводятся занятия воскресной школы, встречи молодежного клуба и другие приходские мероприятия. Богослужения в храме совершаются регулярно, согласно расписанию, утвержденному Калининградской епархией.