Село Балтика было основано в конце XIX века латышскими переселенцами, что отразилось в его названии. В первые десятилетия XX века в селе была построена деревянная церковь, служившая духовным центром для местных жителей. Однако в период советской власти, в ходе антирелигиозных кампаний, храм был закрыт и впоследствии разрушен.
В начале XXI века, в связи с возрождением духовной жизни в регионе, было принято решение о строительстве нового храма в селе Балтика. Инициатива исходила от местных жителей при поддержке епархиального руководства. Строительство началось в 2008 году и завершилось в 2010 году. Новый храм был освящен во имя преподобного Зосимы Эннатского, известного башкирского святого, основателя Покрово-Эннатского монастыря.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание, выполненное в традиционном русском стиле с элементами, характерными для храмовой архитектуры Башкортостана. Здание храма включает в себя основной молитвенный зал, алтарную часть и притвор. Крыша храма увенчана куполом с православным крестом.
Внутреннее убранство храма оформлено в соответствии с канонами православной церкви. Иконостас выполнен из резного дерева и содержит иконы, написанные местными иконописцами. Особое место занимает икона преподобного Зосимы Эннатского, в честь которого назван храм.
С момента открытия храм стал центром духовной жизни села Балтика и окрестных населенных пунктов. При храме организованы воскресная школа для детей и молодежи, а также благотворительные инициативы, направленные на помощь малоимущим и нуждающимся.