История храма преподобного Серафима Вырицкого в Купчино начинается осенью 1999 года, когда образовалась инициативная группа для решения вопроса о строительстве храма в южной части района Купчино. После согласований с администрацией района и Санкт-Петербургской епархией было проведено учредительное собрание под председательством благочинного Невского округа, на котором создан приход во имя преподобного Серафима Саровского. После прославления в лике святых преподобного Серафима Вырицкого приход стал носить его имя.
В 2001 году после распоряжения губернатора Санкт-Петербурга был заключён договор аренды земельного участка. Летом 2002 года прихожане начали подготовительные работы на территории, включая установку временных сооружений: часовни и подсобных помещений. В октябре 2003 года завершился монтаж сруба деревянной часовни, украшенной главкой с крестом, колокольней и резным крыльцом. Весной 2002 года для духовного окормления прихода был назначен священник, который по воскресным дням совершал молебны и панихиды.
Осенью 2004 года в часовне произошёл поджог, в результате которого выгорела внутренняя часть алтаря и сильно пострадала средняя часть часовни. При этом иконы Господа Вседержителя и Владимирской Божией Матери, находившиеся в алтаре, остались невредимы. В апреле 2005 года настоятелем прихода был назначен новый священник, под руководством которого завершились восстановительные работы, и летом того же года в часовне состоялась первая Божественная Литургия.
18 сентября 2005 года по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского состоялся чин основания каменного храма. В июне 2007 года завершилось возведение нижнего цокольного храма, а 6 января 2008 года в нём прошла первая Божественная литургия. 2 декабря 2010 года на возведённые стены был установлен купол и трёхметровый восьмиконечный православный крест. 12 июня 2011 года первая Божественная Литургия состоялась в верхнем строящемся храме.
Строительство храма велось на добровольные пожертвования прихожан и благотворителей. Архитектурный проект выполнен в стиле русских монастырских храмов XII–XV веков. При храме действуют воскресные школы для взрослых и детей, а также паломническая служба. Богослужения совершаются регулярно, включая Литургии и всенощные бдения.