Храм преподобного Макария Египетского был основан при Горном кадетском корпусе, учрежденном императрицей Екатериной II в 1773 году. Строительство храма осуществлено в 1804-1805 годах по проекту архитектора Александра Штауберта в одном из флигелей корпуса. Освящение состоялось 1 февраля 1805 года митрополитом Амвросием в день памяти преподобного Макария Египетского, что совпало с годовщиной утверждения Устава Горного кадетского корпуса.
В 1806-1811 годах при перестройке Горного кадетского корпуса под руководством архитектора Андрея Воронихина храм был реконструирован в стиле высокого классицизма. 10 апреля 1810 года состоялось его новое освящение. В архитектурном оформлении присутствовал четырехконечный крест на фронтоне восточного фасада и барельеф «Всевидящее Око» под арочным окном. Интерьер включал цилиндрический свод с кессонами, хоры и одноярусный иконостас.
В 1828 году архитектор А.И. Постников провел реконструкцию интерьера, сохранив стилевое единство. Был создан новый иконостас в стиле ампир с серебряной отделкой. В ноябре 1864 года произошел пожар, уничтоживший потолок алтаря. Восстановительные работы под руководством архитектора В.Е. Стуккея завершились в 1867 году, интерьер приобрел черты эклектики с элементами неоренессанса.
В августе 1918 года храм был закрыт на основании декрета об отделении церкви от государства. Помещение использовалось как кинозал, затем как спортзал, что привело к утрате первоначального убранства. Часть церковных ценностей, включая четыре наборные иконы 1826 года, была передана в Горный музей.
30 марта 2001 года руководством Горного института принято решение о воссоздании храма. На основе архивных материалов проведена научная реставрация с воссозданием интерьера по состоянию на 1867 год. 7 июля 2004 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил чин великого освящения храма. Восстановлены архитектурные элементы, включая барельеф «Всевидящее Око», трехъярусный иконостас и колокольню.