Первое упоминание о православном храме в Аксубаево относится к 1749 году, когда была построена деревянная церковь. В 1891 году здание сгорело во время пожара. На его месте в 1904 году на пожертвования местных помещиков и верующих возвели каменный пятиглавый трехпрестольный собор. Центральный престол освятили в честь Святой Троицы, один из приделов - во имя преподобного Феодосия Тотемского.
В 1930-х годах собор был разрушен. Материалы храма использовали для строительства светских учреждений - Дома культуры, гимназии, школы, магазина и коммунальной бани. Возрождение церковной жизни началось в 1992 году, когда по инициативе верующих и при поддержке районных властей началось строительство нового храма.
В 1994 году завершилось строительство каменного однопрестольного храма, который освятили в честь преподобного Феодосия Тотемского. В 2014 году после реконструкции, включавшей внешний ремонт, внутреннюю роспись и установку нового иконостаса, храм был повторно освящен. В церкви особо почитается ковчежец с частицами мощей благоверного князя Александра Невского и оптинских старцев.
Преподобный Феодосий Тотемский, в честь которого освящен храм, родился в Вологде около 1530 года. После смерти родителей и жены он принял монашеский постриг в Спасо-Преображенском монастыре преподобного Димитрия Прилуцкого. В 1554 году основал Спасо-Суморин монастырь в Тотьме, где провел последние 15 лет жизни. Канонизирован в 1798 году.
При храме действует церковно-приходская школа. Богослужения совершаются в воскресные и праздничные дни. Вечернее богослужение начинается в 17:00 (в зимнее время в 16:00), утреннее - в 8:00. Престольный праздник отмечается 10 февраля - в день памяти преподобного Феодосия Тотемского.