Храм преподобномученика Андрея Критского был возведен в 1891-1892 годах как домовая церковь Экспедиции заготовления государственных бумаг. Поводом для строительства послужило чудесное спасение императора Александра III и его семьи при крушении царского поезда у станции Борки 17 октября 1888 года. Рабочие и служащие Экспедиции постановили выстроить храм на собственные пожертвования в память об этом событии. Собранных средств (около 32 тысяч рублей) оказалось недостаточно для отдельно стоящего храма, поэтому церковь разместили на третьем этаже административного здания.
Проект здания в русском стиле разработал академик архитектуры Карл Яковлевич Маевский. Закладка храма состоялась 15 августа 1891 года, освящение - 18 октября 1892 года епископом Выборгским Антонием (Вадковским) при участии Иоанна Кронштадтского. Храм освятили во имя преподобномученика Андрея Критского, чья память празднуется в день крушения поезда.
Внутреннее пространство храма разделено на три нефа гранитными колоннами. Арки расписаны в технике энкаустики, иконостас выполнен из резного дуба. Иконы для царских врат создал А.И. Шарлемань, образ «Нерукотворный Спас» написал В.А. Бобров. Над входом поместили копию картины И.К. Макарова, изображавшую крушение в Борках.
В 1923 году храм закрыли, помещение использовалось как общежитие, затем как клуб имени Ногина. В 1990-х годах здание передали организации «Гознак», началось восстановление храма. В 1998 году совершили первый молебен, к 2006 году завершили реставрацию. 13 июня 2007 года состоялось полное освящение храма.
В 2006 году храм получил статус подворья Константино-Еленинского женского монастыря. В храме находятся частицы мощей многих святых, включая святителя Николая Чудотворца, великомученика Георгия Победоносца, равноапостольных Кирилла и Мефодия.