Храм Пресвятой Владычицы Богородицы, игумении горы Афонской, был заложен в 2012 году в поселке Саперный Колпинского района Санкт-Петербурга. Первоначально строительство велось под посвящением преподобному Силуану Афонскому. Однако в 2016 году, после возведения другого храма с аналогичным посвящением вблизи, по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского, строящийся храм был переименован в честь Пресвятой Богородицы, игумении горы Афонской.
Освящение храма состоялось 1 июля 2023 года, в праздник Боголюбской иконы Божией Матери. Чин великого освящения совершил митрополит Варсонофий. Храм является каменным однопрестольным. На приходе ведется духовно-просветительская деятельность, включающая катехизаторские беседы, социальное служение и огласительные беседы перед Таинством Крещения.
Исторически территория, на которой расположен храм, относится к землям, связанным с воинскими частями, что отразилось в названии поселка Саперный. Однако сам храм не является частью исправительного учреждения или воинской части. Архитектурный стиль и автор проекта не указаны в открытых источниках.
Святыней храма является почитаемый образ Пресвятой Владычицы Богородицы, игумении горы Афонской. Богослужения совершаются регулярно, включая воскресные и праздничные дни. Приход зарегистрирован как местная религиозная организация с 2017 года.