Храм Пресвятой Троицы в Кито был образован в октябре 2007 года указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Приход создан по просьбе русскоязычной общины Эквадора и вошел в состав Аргентинской и Южноамериканской епархии Русской Православной Церкви. Первые богослужения совершались в домовом храме, организованном в съемной квартире.
В мае 2009 года приход был официально зарегистрирован в министерстве юстиции Эквадора. В течение шести месяцев богослужения проводились в частной музыкальной школе, где также организовывались занятия по русскому языку и Закону Божиему для детей из русско-эквадорских семей. С января 2010 года службы и занятия перенесены в здание бывшего российского торгового представительства, предоставленное в аренду Управлением делами Президента России.
Храм расположен в историческом здании, известном как "Casa de Moscu". Архитектурные особенности здания соответствуют местным строительным традициям, адаптированным под нужды православного богослужения. Иконостас и церковная утварь были привезены из России или созданы силами прихожан.
При храме действует воскресная школа, где дети изучают основы православной веры и русский язык. Состав прихожан преимущественно включает представителей русскоязычной диаспоры, а также местных жителей, принявших православие. Богослужения совершаются на церковнославянском языке с параллельным переводом на испанский.