Село Кожважи является одним из старинных поселений Горномарийского района, существовавшим еще во времена присоединения горных марийцев к Русскому царству. Изначально известное как деревня Большая Кожважская, оно служило резиденцией сотенного князя Ковяжа (Кобяша).
В середине XVIII века, в период массового крещения горных марийцев, в 1752 году в деревне была возведена деревянная церковь в честь Преображения Господня. Этот храм стал центром духовной жизни новокрещенных марийцев из окрестных деревень.
В 1819 году на месте деревянной церкви была построена каменная трехпрестольная церковь в честь Преображения Господня с приделами во имя святого Николая Чудотворца и Сретения Господня. Архитектурные особенности этого храма включали традиционные для того времени элементы православного зодчества, отражающие местные строительные традиции и материалы.
В 1939 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт. В последующие годы здание использовалось для размещения сельского Дома культуры, что привело к разрушению верхних частей сооружения и колокольни.
Возрождение храма началось в 1999 году, когда были возобновлены богослужения. В 2005 году епископ Йошкар-Олинский и Марийский Иоанн освятил главный престол во имя Преображения Господня, что ознаменовало новый этап в истории храма.