Он является памятником архитектуры и важным духовным центром региона.
История храма начинается в середине XIX века, когда в 1857 году полковник М. Д. Лихутин заложил штаб-квартиру Псебай, которая стала опорным пунктом во время действий Лабинского отряда. В 1858 году Преображенским полком была построена церковь Преображения Господня. Это здание является одним из немногих сохранившихся сооружений того времени.
В 1862 году в Псебай прибыли казачьи семейства из станицы Новопокровской, а также солдаты, воевавшие на Лабинской линии, которым разрешили привести свои семьи из центральных губерний. К этому времени поселение насчитывало около 34-35 домов. В 1873 году Псебай был преобразован в казачью станицу.
В 1890 году произошло разделение станицы на две части: в одной жили казаки, в другой — солдаты. Казаки, не желавшие посещать Свято-Преображенскую церковь, построили церковь Святого Михаила, которая ныне разрушена.
В начале XX века историк и краевед А. Н. Дьячков-Тарасов отмечал плачевное состояние бывшей военной половины Псебая, включая полковую церковь, которая к тому времени покосилась и грозила разрушением.
В советский период храм был закрыт, а его здание использовалось под различные нужды. В этот период интерьер храма был значительно повреждён, утрачены иконы и элементы внутреннего убранства.
Возрождение храма началось в 1990-х годах с восстановлением приходской общины. С этого времени начались реставрационные работы, направленные на восстановление архитектурного облика и внутреннего убранства храма. Были восстановлены купол, колокольня, иконостас и другие элементы интерьера.
Архитектурный облик храма представляет собой образец русской церковной архитектуры конца XIX — начала XX века. Здание выполнено в стиле классицизма с элементами барокко. Основной объём храма — четырёхстолпный, с одним куполом на световом барабане. Фасады украшены пилястрами и карнизами, окна имеют полуциркульные завершения. Колокольня трёхъярусная, завершена шпилем.
