Село Средне-Ахтубинское было основано в 1756 году. В 1775 году на его территории была построена часовня, которая служила местом молитвы для жителей. В 1795 году жители обратились с просьбой о строительстве полноценного храма, и в 1802 году церковь была завершена и освящена в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Первоначально здание храма было выполнено в византийском стиле. В 1899 году была проведена реконструкция, в результате которой к северной и южной сторонам были добавлены два придела, придавшие храму крестообразную форму и элементы русско-византийского стиля.
В 1933 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был разрушен. Разборка здания продолжалась около пяти месяцев, а материалы, полученные при сносе, использовались для строительства других объектов и дорог в Средней Ахтубе. На месте разрушенного храма был установлен поклонный крест.
В 1987 году началась новая страница в религиозной истории посёлка с возведением нового храма Покрова Пресвятой Богородицы. В январе 1995 года настоятелем храма был назначен протоиерей Пётр Симора. В 2007 году на храме были установлены новые купола из жёлтого металла, а на колокольню добавлены два новых колокола к семи уже имевшимся.