Храм Покрова Пресвятой Богородицы в посёлке Басандайка был основан в начале XX века как часть духовной инфраструктуры Томской губернии. Посёлок Басандайка, расположенный вблизи Томска, исторически являлся местом проживания крестьян и переселенцев, что обусловило необходимость строительства православного храма.
Первое упоминание о храме относится к 1905 году, когда было завершено строительство деревянной церкви. Архитектурный облик храма соответствовал традициям сибирского деревянного зодчества. В 1930-х годах, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт, а его здание использовалось для хозяйственных нужд.
В 1990-х годах, после возвращения здания Русской Православной Церкви, начались работы по его восстановлению. Храм был заново освящён в 1997 году. В последующие годы проводились реставрационные работы, направленные на восстановление первоначального облика здания.
Богослужебная жизнь в храме возобновилась в соответствии с традициями православного богослужения. При храме действует воскресная школа для детей и взрослых. Храм является частью Томской епархии Русской Православной Церкви.