Церковь Покрова Пресвятой Богородицы в поселке Усть-Ваеньга была построена в период между 1802 и 1809 годами. Храм возведен в традициях северного деревянного зодчества с элементами классицизма, характерными для церковной архитектуры начала XIX века. Престолы храма освящены в честь Покрова Пресвятой Богородицы, Алексия, человека Божия, а также Афанасия и Кирилла, Патриархов Александрийских.
В советский период храм был закрыт для богослужений и использовался в хозяйственных целях: в здании располагались магазин и склад. В этот период внутреннее убранство и церковная утварь были утрачены. После возвращения здания Русской Православной Церкви начались восстановительные работы, которые продолжаются силами приходской общины.
Архитектурный облик храма сохранил черты, характерные для церковного строительства Русского Севера. Здание представляет собой четверик, увенчанный куполом с главкой, с трапезной частью и колокольней. Внешний декор включает элементы, типичные для позднего барокко и классицизма, что отражает переходный период в церковной архитектуре начала XIX века.
Приход храма Покрова Пресвятой Богородицы был официально зарегистрирован в 2000 году как местная религиозная организация в составе Плесецкой епархии Русской Православной Церкви. Богослужебная жизнь в храме возобновилась после длительного перерыва, связанного с периодом гонений на Церковь в XX веке.
Храм расположен на правом берегу реки Северная Двина, в исторической части поселка Усть-Ваеньга. Транспортная доступность обеспечивается паромной переправой через реку, что исторически влияло на посещаемость храма жителями окрестных населенных пунктов. В 2018 году в храме впервые за 90 лет была совершена архиерейская служба, что отметило новый этап в истории прихода.