Храм Покрова Пресвятой Богородицы в селе Клинцовка Пугачёвского района Саратовской области был первоначально построен в 1840 году усердием местных прихожан. Однопрестольная деревянная церковь на каменном фундаменте имела колокольню и была освящена в честь праздника Покрова Пресвятой Богородицы. Согласно указу Священного Синода, за храмом были закреплены два священника, диакон и два псаломщика, получавшие казённое жалование, а также пахотные, сенокосные и усадебные земли.
Церковная летопись ведётся с 1866 года. В 1857 году были составлены описи церковного имущества и копии метрических книг, начиная с 1834 года. При храме действовала библиотека, насчитывавшая около 60 томов, а также выписывались церковные издания: «Странник», «Церковные ведомости» и «Епархиальные ведомости». В приходе функционировали две школы: церковно-приходская (позднее преобразованная в земскую) и церковная школа грамоты для девочек.
В советский период храм был переоборудован под дом культуры, колокольня и купола были демонтированы. В начале 1980-х годов здание полностью разобрали на строительные материалы, из которых возвели три жилых дома. 3 июля 2010 года по инициативе студента Александра Агеева на месте разрушенного храма был установлен поклонный крест, что стало первым шагом к восстановлению святыни.
25 октября 2011 года митрополит Саратовский и Вольский Лонгин совершил чин основания нового храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы. 19 ноября 2013 года по благословению епископа Покровского и Николаевского Пахомия были освящены надкупольные кресты строящегося храма. Великое освящение восстановленного храма и Божественную литургию совершил 11 ноября 2017 года епископ Покровский и Николаевский Пахомий.