22 июня 1989 года решением Шахунского исполнительного комитета в городе Шахунья была зарегистрирована православная община. Это событие положило начало возрождению православия в Шахунском районе. Первоначально богослужения совершались в арендованном шлакоблочном доме в деревне Январи, который был переоборудован согласно церковным канонам.
В апреле 1991 года в городском парке на месте летнего кинотеатра был заложен фундамент нового храма. 30 июня 1991 года состоялся первый в истории города крестный ход, после которого был освящен закладной камень и фундамент будущего храма. Кирпичная кладка стен началась в июле того же года.
23 октября 1993 года в строящемся храме состоялось первое богослужение. 14 октября 1994 года была совершена первая служба во всем храме. Строительство завершилось в конце 1994 года, и 29 декабря митрополит Нижегородский и Арзамасский Николай (Кутепов) освятил храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
Храм выполнен в традиционном стиле: двухэтажный прямоугольный четверик завершается пятиглавием. Рядом расположена колокольня, выполненная в том же архитектурном стиле. Стены храма белые, кровля — нежно-голубая. Вместимость храма составляет 1100 человек, площадь молитвенного пространства — 278 квадратных метров.
6 апреля 1997 года, в канун Пасхи, были освящены три колокола, отлитые из меди, олова с добавлением серебра на московском автозаводе имени Лихачева. Вес большого колокола — 210 кг, среднего — 112 кг, малого — 100 кг. В этот день впервые над городом прозвучал колокольный звон.
