Первый храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы на станции Морозовской был построен в 1902 году на средства прихожан. Освящение состоялось 15 февраля 1903 года. Храм являлся частью инфраструктуры железной дороги, проходящей через Морозовск, которая была открыта в 1900 году. Первоначальное здание было деревянным и располагалось на месте современного городского рынка.
После Октябрьской революции 1917 года храм был закрыт и впоследствии полностью разрушен. В советский период здание церкви, находившееся на пересечении улиц Ворошилова и Кирова, было переоборудовано в детский сад. В конце 1960-х годов с крыши был демонтирован барабан с куполом, внутреннее убранство удалено, а стены обложены кирпичом.
В конце 1970-х годов православная община Морозовска получила разрешение на открытие храма. Для этого был приобретен жилой дом по улице Пастухова, который был перестроен под церковные нужды. 19 сентября 1984 года Морозовский горисполком утвердил постановление № 211 о разрешении перестройки здания. Официальное освящение восстановленного храма состоялось 15 сентября 1989 года, чин освящения совершил митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир (Сабодан).
В храме находятся особо почитаемые святыни: икона священномученика Николая Попова с частицей мощей, икона блаженной Матроны Московской с частицей мощей и храмовая икона Покрова Пресвятой Богородицы. При храме действует воскресная школа.