Храм Покрова Пресвятой Богородицы в селе Руново впервые был построен в 1774 году на средства помещиков Григория Михайловича Ушакова и Никифора Федоровича Ачкасова. Согласно местным преданиям, место для строительства храма было выбрано не случайно: ранее здесь находился Настецкий монастырь, упоминаемый в числе разоренных во времена Смуты начала XVIII века. Монастырь, основанный как форпост православия на литовской границе, был упразднен в 1764 году, после чего на берегу озера остался лишь один старец-отшельник.
Первоначальный храм был деревянным, без колокольни, и имел три престола: центральный — в честь Покрова Пресвятой Богородицы, левый — во имя Святителя Николая Чудотворца, и правый — в честь святых бессребреников Козьмы и Дамиана. Все престолы были холодными, то есть не отапливались. В 1829 году штат причта сократился, и должность дьякона была упразднена.
В 1877 году близ Покровской церкви открылась земская школа, здание которой сохранилось до настоящего времени. В 1884 году на месте обветшавшего деревянного храма на церковные средства и частные пожертвования был возведен новый каменный храм с теми же тремя престолами. К храму была приписана часовня в селе Островки.
Архитектура каменного храма представляет собой эклектичное сочетание элементов псевдорусского стиля и раннего модерна, что придает зданию некоторую композиционную нестройность. По местному преданию, это связано с тем, что часть средств, выделенных на строительство, была присвоена заказчиком, проживавшим в деревне Волосаново.