Храм-подворье святителя Николая Чудотворца в Бари был основан в 1911 году по инициативе Императорского православного палестинского общества. Инициатива строительства возникла после неудачных попыток восстановить церковь святителя Николая в Мирах Ликийских. Участок земли площадью 1,2 гектара был приобретен 20 января 1911 года протоиереем Иоанном Восторговым.
Проект храма разработан архитектором Алексеем Щусевым в неорусском стиле с элементами псковско-новгородского зодчества. Закладка фундамента состоялась 9 мая 1913 года. Строительство велось под руководством инженера Н. Рикко и было в основном завершено к 1915 году, хотя нижний придел храма был освящен только в 1921 году в честь святителя Спиридона Тримифунтского.
После революции 1917 года подворье перешло в ведение Русской православной церкви заграницей. В 1937 году князь Николай Жевахов продал имущество подворья городским властям Бари. В послевоенный период храм находился в юрисдикции Западноевропейского экзархата русских приходов Константинопольского патриархата, а с 1970 года вернулся под управление РПЦЗ.
В 1998 году между Московским патриархатом и властями Бари было заключено соглашение о передаче верхнего храма Русской православной церкви. Окончательная передача всего комплекса России состоялась 23 января 2012 года. Архитектурный ансамбль включает в себя храм и странноприимный дом, построенные из кирпича в характерном для начала XX века стиле.
Храм имеет двухуровневую структуру: верхний храм находится в ведении Московского патриархата, нижний - Русской православной церкви заграницей. В архитектурном решении прослеживаются элементы древнерусского зодчества, включая шлемовидный купол и звонницу над западной стеной. Иконостас храма создан художниками Альбертом и Маргаритой Бенуа в 1950-х годах.