В середине XIX века, с присоединением южных территорий Горного Алтая к Российской империи, началось активное освоение этих земель русскими переселенцами и купцами. В 1870 году, на средства томского губернатора Германа Густавовича Лерхе и русских купцов, в селе Кош-Агач была построена церковь во имя первоверховных апостолов Петра и Павла. Освящение храма состоялось 5 июня 1871 года .
Храм стал центром православной жизни в регионе, где русское население составляло меньшинство. В 1899 году при церкви была открыта церковно-приходская школа, что способствовало распространению образования среди местного населения. В 1908 году храм был перестроен с расширением, что свидетельствует о росте прихода и увеличении числа верующих .
В советский период храм был закрыт, и его здание пришло в упадок. Однако в начале XXI века, по инициативе местных жителей и при поддержке Горноалтайской епархии, было принято решение о строительстве нового храма на месте прежнего. Новая деревянная церковь была возведена и освящена, продолжив традиции православной архитектуры региона .
Архитектурно новый храм представляет собой деревянное здание с традиционными элементами русского церковного зодчества. Храм увенчан луковичной главкой, покрытой металлической кровлей. Фасады храма украшены декоративными элементами, характерными для деревянной архитектуры региона. Внутреннее убранство храма включает иконостас и необходимые для богослужения предметы.
