Первое упоминание о храме в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла в селе Ляки относится к концу XVIII века. По архивным данным, в 1782 году в селе, тогда носившем название Петропавловское, была построена деревянная церковь. В ревизских сказках 1816 года зафиксировано наличие шести дворов церковнослужителей при однокомплектном храме.
В 1893 году на месте обветшавшего здания был возведен новый деревянный храм. Село Ляки, административно относившееся к Оренбургской губернии Уфимского наместничества Мензелинского уезда Янурусовской волости, являлось значительным центром кряшенского населения. По данным V ревизии 1795 года, село было разделено на четыре части, где проживали преимущественно ясачные старокрещены, включая потомков княжеского рода Асановых.
В советский период исторический храм был утрачен. Восстановление церковной жизни в селе началось в начале XXI века. Между 2010 и 2013 годами была построена новая деревянная церковь, сохранившая прежнее посвящение. Храм был освящен 2 ноября 2015 года. Приход относится к кряшенской традиции, богослужения совершаются на церковнославянском и церковнокряшенском языках.
Архивные документы 1834 года свидетельствуют, что к этому времени в приходе числилось 54 двора ясачных старокрещен с 209 мужчинами и 230 женщинами. Церковь в селе Ляки исторически выполняла важную роль в сохранении православной веры среди кряшенского населения региона.