Первое упоминание о храме в Абатской слободе относится к 1709 году, когда на левом берегу реки Ишим при впадении речки Абак была построена деревянная церковь во имя святых апостолов Петра и Павла. В 1784 году храм был перенесен на новое место вместе с поселением. В 1839 году на церковные средства и пожертвования купцов и прихожан была возведена каменная Петропавловская церковь, освященная 10 июля 1840 года.
В 1846-1873 годах велось строительство второй каменной церкви в честь Богоявления Господня при значительном участии купца Стефана Гавриловича Мещерякова и его супруги. Храм был освящен 28 июня 1875 года. В архитектурном отношении здание выполнено в стиле классицизма с характерными строгими прямыми линиями, без скульптурных украшений.
В 1931-1933 годах Богоявленская церковь была закрыта. В разные периоды советского времени в здании располагались спиртзавод, мельница, комбинат бытового обслуживания. В 1995-1996 годах храм был возвращен Тобольско-Тюменской епархии.
Реставрационные работы начались в 2001 году. Поскольку архивные фотографии не сохранились, восстановление велось по образцам эпохи классицизма. В 2003 году был установлен металлический каркас купола весом более 20 тонн, в 2005 году - золоченые купола-маковки. В январе 2006 года состоялось первое богослужение в восстановленном храме.
13 июня 2011 года архиепископ Тобольский и Тюменский совершил чин Великого освящения храма, который по его благословению был освящен как Петропавловский, в память о первом храме села. К приходу относится деревянная часовня в честь иконы Божией Матери «Спорительница хлебов» в селе Банниково, построенная в 2004 году.