Храм святых апостолов Петра и Павла в поселке Быков был основан в 1993 году как православный приход Южно-Сахалинской епархии. Первоначально богослужения проводились в приспособленном жилом доме, что характерно для многих вновь образованных приходов на Дальнем Востоке в постсоветский период.
Поселок Быков имеет сложную историческую судьбу. В период японского владения южным Сахалином (1905-1945 гг.) на этом месте находилось шахтерское поселение Найбути. После возвращения территории СССР в 1945 году поселок получил современное название в честь В.П. Быкова - командира партизанского отряда, действовавшего во время русско-японской войны 1904-1905 годов.
Архитектурные особенности храма отражают типичный подход к храмостроительству в 1990-е годы, когда многие приходы начинали свою деятельность в переоборудованных гражданских зданиях. В последующие годы храм получил статус самостоятельного прихода в составе Южно-Сахалинской епархии.
С 2000 по 2017 год приход возглавлял священник, чье имя упоминается в церковных документах. За этот период была заложена традиционная для православного прихода структура богослужебной жизни, включающая регулярное совершение литургии, таинств и треб.
Храм посвящен первоверховным апостолам Петру и Павлу, что отражает традицию именования храмов в честь этих учеников Христа, широко распространенную в русской церковной традиции. Апостольское служение Петра и Павла символизирует единство церкви, объединяющей разные традиции и подходы к проповеди христианства.