Первоначально, в 1760 году, на этом месте была построена деревянная однопрестольная церковь, освященная 7 ноября 1765 года.К началу XIX века деревянное здание обветшало, и возникла необходимость в строительстве нового храма.
В 1807 году, 27 марта, Вятский архиерей Гедеон выдал храмоозданную грамоту на возведение каменной церкви во имя святых апостолов Петра и Павла с приделом в честь Рождества Христова. Строительство началось в 1814 году, вскоре после победы в Отечественной войне 1812 года, что придало храму значение памятника этой победы. Завершилось строительство в 1816 году.
Архитектурно храм представляет собой сооружение в стиле позднего классицизма. Основной объем — традиционный восьмерик на четверике, увенчанный куполом с небольшим шпилем. С запада к основному кубу примыкает обширная трапезная, из которой вырастает двухъярусная колокольня. В 1855 году, в результате расширения трапезной, был добавлен еще один придел — в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
Храм стал центром жизни села: у его стен проводились базары и ярмарки. Приход охватывал 25 селений с населением более 8 тысяч человек. При церкви действовала церковно-приходская школа в деревне Тапшер.
В 1939 году, в период антирелигиозной политики советского государства, церковь была закрыта. Здание использовалось под зернохранилище, затем было признано аварийным и не эксплуатировалось. Колокольня была снесена, крыша трапезной обрушилась, оконные проемы оставались без остекления.
В 2010 году жители Верх-Ушнура организовали и зарегистрировали приход святых апостолов Петра и Павла. Благодаря их усилиям храм был включен в Федеральную целевую программу «Культура России». С 2014 года началась реставрация: укреплены кирпичные стены, восстановлена кровля, установлен барабан с золоченым куполом и крестом, вставлены окна, восстановлена колокольня, проложена асфальтированная дорога к храму.
