Село Кубовая, основанное в конце XIX века, изначально не имело собственного храма, и жители были вынуждены посещать богослужения в соседних населённых пунктах. В начале XX века, с ростом населения и усилением религиозных потребностей, возникла инициатива строительства собственной церкви.
В 1905 году, благодаря усилиям местных жителей и при поддержке благотворителей, было начато строительство деревянного храма, посвящённого святому Пантелеимону. Выбор святого покровителя был обусловлен его почитанием как целителя и покровителя страждущих, что было особенно важно для сельского населения.
Строительство храма завершилось в 1907 году, и он стал центром духовной жизни села. Архитектурно здание представляло собой деревянную постройку в традиционном русском стиле с одним куполом и колокольней. Внутреннее убранство включало резной иконостас и многочисленные иконы, многие из которых были пожертвованы прихожанами.
В период советской власти, особенно в 1930-е годы, многие религиозные учреждения подвергались закрытию и разрушению. Однако храм в Кубовой продолжал функционировать, хотя и с ограничениями. Во время Великой Отечественной войны церковь стала местом духовной поддержки для многих жителей, потерявших близких на фронте.
В послевоенные годы храм продолжал действовать, несмотря на сложные условия и недостаток средств. В 1960-х годах здание потребовало капитального ремонта, который был проведён силами прихожан. В этот период были обновлены иконостас и внутренние росписи.
С началом перестройки и ослаблением государственного контроля над религией в 1980-х годах храм пережил возрождение. Был проведён ряд реставрационных работ, восстановлены утраченные элементы декора, обновлена кровля и укреплены стены. Здесь регулярно проводятся богослужения, церковные праздники. При храме действует воскресная школа для детей, организуются благотворительные акции и культурные мероприятия.