С благословения епископа Майкопского и Армавирского Филарета в 1999 году была зарегистрирована церковная община, и 9 августа того же года на месте будущего храма установлен и освящен памятный крест.
В мае 2000 года первым настоятелем прихода был назначен иерей Николай Хлынин. Первые богослужения проходили во временном помещении, предоставленном администрацией санатория «Ставрополье». Строительство постоянного храма началось в январе 2001 года после получения благословения архиепископа Екатеринодарского и Кубанского Исидора 21 февраля того же года.
Проект храма разработал архитектор Фёдор Иванович Афуксениди, взяв за основу Андреевский храм в Киеве, созданный архитектором Бартоломео Растрелли. Здание представляет собой восьмигранное в плане кирпичное сооружение с пятью куполами и трёхъярусной колокольней, а также цокольным этажом, повторяющим восьмигранную форму храма. Архитектурный стиль храма относится к елизаветинскому барокко.
В 2000 году Русский Пантелеимонов монастырь на Афоне передал храму икону святого великомученика Пантелеимона с частицей его святых мощей. В 2007 году из Ватикана была получена частица мощей священномученика Киприана. В 2015 году храму были дарованы частицы Честного Креста Господня, а также мощи ряда святых, включая апостолов Петра и Луки, пророка и Крестителя Иоанна, святителя Николая Чудотворца и других.
При храме действует библиотека, насчитывающая более 1000 томов, детская воскресная школа и детский театр.
18 ноября 2018 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор совершил чин Великого освящения храма.
