Храм святителя Николая Чудотворца и святителя Иннокентия, епископа Иркутского, расположен в историческом районе Глазковское предместье города Иркутска. Первые упоминания о необходимости строительства храма в этом районе относятся к 1811 году, когда иркутский купец Н.С. Чупалов подавал прошение о постройке каменной церкви во имя святителя Николая. Однако реализация проекта тогда не состоялась.
14 ноября 1857 года жители предместья направили прошение епископу Иркутскому и Нерчинскому Евсевию с ходатайством о строительстве храма. Инициатором выступил староста Троицкой церкви, иркутский купец Яков Степанович Малков, который приобрел земельный участок площадью 600 квадратных саженей в центре предместья и взял на себя расходы по строительству. 8 декабря 1857 года Духовная Консистория разрешила строительство однопрестольного каменного храма с деревянной колокольней.
Закладка храма состоялась 27 апреля 1858 года. Строительство велось в течение полутора лет, и 20 сентября 1859 года храм был освящен епископом Евсевием. Первоначально храм был однопрестольным, освященным во имя святителей Николая Мирликийского и Иннокентия Иркутского. Архитектурный стиль здания соответствует классицизму.
В 1863 году к северной стороне храма был пристроен придел во имя Успения Пресвятой Богородицы, освященный 28 апреля 1866 года архиепископом Парфением. В 1883 году в ходе ремонтных работ была пробита арка между главным алтарем и придельным храмом, объединившая пространство.
В 1933 году с храма были сняты колокола, а в 1934 году он был закрыт. В 1990-х годах храм возвращен Иркутской епархии, в 2003 году завершены восстановительные работы. В настоящее время храм имеет три престола: центральный - во имя святителя Николая Чудотворца, левый - Успения Пресвятой Богородицы, нижний - святителя Иннокентия Иркутского.