Станица Саратовская, основанная в 1864 году как Псекупская, получила современное название в честь переселенцев из Саратовской губернии. Первый временный храм во имя святителя Николая Чудотворца был построен в течение года после основания станицы и освящен 17 мая 1865 года благочинным Петром Смирновым. Деревянная церковь располагалась на главной площади станицы и выполняла роль духовного центра для казачьего населения.
В 1878 году на средства Кубанского казачьего войска (10 000 рублей) и пожертвования прихожан (6 000 рублей) возведен новый деревянный храм. Здание отличалось архитектурными особенностями: высокой колокольней, позволявшей видеть Екатеринодар (ныне Краснодар), и расширенной в 1909 году площадью на 200 квадратных аршин. Рядом с храмом в 1901 году построено здание церковно-приходского училища, сохранившееся до настоящего времени.
В ночь на Троицу 1929 года храм был уничтожен пожаром. По свидетельствам очевидцев, местные жители пытались спасти церковную утварь и иконы, но большая часть имущества погибла в огне. На фундаменте сгоревшей церкви в советский период построен кинотеатр «Мир», прекративший функционирование в 1990-х годах.
В 1998 году инициативная группа станичников обратилась к местным властям с просьбой о передаче здания бывшего кинотеатра для восстановления храма. В результате переговоров община получила разрешение на реконструкцию, и богослужебная жизнь в станице Саратовской возобновилась. Современное здание храма сохраняет историческую ориентацию и посвящение святителю Николаю, архиепископу Мир Ликийских.