Основание храма связано с деятельностью новгородца Ивашки Дмитриева Ластки, который в 1542 году получил царскую грамоту на освоение земель по реке Печоре.В том же году, по инициативе Ластки, была возведена первая в регионе церковь, посвящённая святителю Николаю Чудотворцу.Однако точные сведения о дате её строительства разнятся; некоторые источники указывают на 1547 год.
Первая церковь, построенная в XVI веке, со временем пришла в негодность и была заменена новой деревянной церковью в 1688 году. Впоследствии, в 1845 году, по благословению Преосвященного Георгия, началось строительство новой церкви во имя святителя Николая Чудотворца на средства прихожан и чердынского купца Алина. Эта церковь была освящена 19 декабря 1851 года.
В 1871 году в Усть-Цильме была построена новая деревянная церковь Николая Чудотворца. Однако в период гонений на церковь в советское время этот храм был разрушен.
В 1856 году в селе был основан единоверческий приход, который был возрождён в 2004 году. В апреле 2016 года состоялось освящение новопостроенной единоверческой церкви святителя Николая Чудотворца. Чин освящения провёл епископ Сыктывкарский и Воркутинский Питирим. Строительство храма длилось шесть лет, и ранее богослужения проходили в здании бывшего детского сада.
В августе 2012 года в Усть-Цильме была освящена церковь Николая Чудотворца Древлеправославной поморской церкви. Строительство этого храма продолжалось десять лет. До революции в селе действовали два храма — единоверческий и православный, оба они были разрушены в советское время.
