Приход Никольского храма села Высокое Лискинского района Воронежской области образован и зарегистрирован 18 апреля 2000 года. До этого времени хутор Высокий, известный также как станция Бодеево, не имел собственного храма, являясь новообразованным поселением послевоенного периода. Первые захоронения на местном кладбище датируются 1930-ми годами.
Инициатива по строительству храма принадлежала группе местных жителей, организовавших сбор средств в 2000 году. Первоначально был заложен фундамент рядом с кладбищем, однако строительство не было завершено. Богослужебная деятельность началась в здании бывшей швейной мастерской, где продолжается по настоящее время.
С 2000 по 2004 год в приходе сменилось несколько настоятелей, ни один из которых не прослужил более года. 28 июня 2004 года указом правящего архиерея настоятелем был назначен священник, под руководством которого к зданию молельного дома была пристроена колокольня высотой 11 метров с малой звонницей. Часть помещений бывшей парикмахерской и магазина переоборудована под жилье для клира.
В 2009 году завершено строительство колокольни, освященной митрополитом Воронежским и Борисоглебским Сергием (Фоминым). В последующие годы проведены работы по замене деревянных окон на пластиковые, модернизации котельной и реставрации внутренних помещений. В 2013 году при храме открыта воскресная школа.
Особенностью храма является колокол, пожертвованный храму в период завершения строительства колокольни. Колокол был передан храму жителем соседнего района, выполнившим таким образом обет о пожертвовании в один из храмов епархии, освященных в честь святителя Николая.