Храм во имя святителя Николая Чудотворца в селе Шопша был построен в 1808 году на средства прихожан как каменная пятиглавая церковь с ярусной колокольней. Первоначально храм освятили в честь Смоленской иконы Божией Матери, но позднее к нему пристроили придел во имя святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских. Храм возведен на месте более древней деревянной церкви, известной с XVII века.
В дореволюционный период храм имел два престола: главный — в честь Смоленской иконы Божией Матери и придельный — во имя святителя Николая. Из первоначального убранства сохранились Святое Распятие с Предстоящими, икона святителя Николая Чудотворца и подсвечник. В советский период храм использовался как складское помещение.
В 1991 году здание храма было возвращено Русской Православной Церкви и освящено как Никольская церковь. С этого времени в храме возобновились регулярные богослужения. Архитектурный облик храма характерен для ярославского церковного зодчества начала XIX века: пятиглавое завершение, трапезная часть и колокольня в стиле классицизма.
Село Шопша имеет древнюю историю, восходящую к XVI веку, когда здесь существовал Шепецкой ям — почтовая станция на дороге между Ростовом и Ярославлем. В Смутное время через Шопшу проходило ополчение Минина и Пожарского. В XVII-XVIII веках село превратилось в важный транспортный узел на Московско-Архангельском тракте.
Приход храма исторически включал окрестные деревни: Гаврилково, Селище и другие. В XIX веке село стало волостным центром, объединявшим 67 населенных пунктов. Церковь играла значительную роль в жизни местного населения, здесь совершались таинства, велись метрические книги, проводились церковные праздники.