Он является преемником утраченной в советский период каменной трёхпрестольной церкви, возведённой в 1836 году.
История православной общины в селе Пыщуг восходит к первой половине XIX века. В 1836 году на средства прихожан была построена каменная церковь с колокольней, заменившая более раннее деревянное сооружение. Храм имел три престола: главный — в честь Преображения Господня, и два придельных — во имя святителя Николая Чудотворца и святителя Димитрия, митрополита Ростовского. Церковь была окружена каменной оградой, а кладбище находилось вне её пределов, огороженное забором и окопанное рвом .
В советский период, в 1960-х годах, храм был закрыт и снесён, а на его месте построено здание магазина. Таким образом, община лишилась своего духовного центра.
В 1990-е годы, в период возрождения религиозной жизни в России, в 50 метрах к востоку от места разрушенного храма был переоборудован жилой дом под православную церковь во имя Николая Чудотворца. Здание, построенное в советское время, было адаптировано для богослужебных нужд, что позволило восстановить приходскую деятельность в селе .
