Храм Святителя Николая Чудотворца в селе Новое Ахпердино был построен в 1909 году на средства прихожан. Церковь представляла собой однопрестольное деревянное здание с трехъярусной колокольней высотой 9 саженей. На колокольне находилось три колокола весом 41 пуд, 11 пудов и 30 фунтов соответственно. Храм был увенчан одной большой главой и пятью малыми.
В 1937 году храм был закрыт, а его здание не сохранилось. Религиозная община была вновь зарегистрирована в 1991 году. Для богослужений было приспособлено небольшое каменное здание бывшего коммунально-бытового обслуживания. Освящение временного храма состоялось в 1993 году по благословению архиепископа Чебоксарского и Чувашского Варнавы.
28 сентября 2012 года епископ Алатырский Стефан совершил закладку памятной капсулы в фундамент строящегося нового храма Святителя Николая. Строительство велось в рамках плана по возведению 16 храмов в Чувашии на 2015-2018 годы.
Село Новое Ахпердино, где расположен храм, было основано в XVIII веке переселенцами из деревни Старое Ахпердино. Первое документальное упоминание села относится к 1747 году. В дореволюционный период жители села преимущественно занимались земледелием, животноводством и отхожими промыслами.