Первый деревянный храм во имя Святителя и Чудотворца Николая был построен в селе Новая Ханинеевка в 1803 году. Храм также имел придел в честь святых праведных Захарии и Елисаветы. В 1883 году этот храм полностью уничтожен пожаром.
Закладка нового каменного храма состоялась 5 сентября 1885 года. Строительство велось на народные пожертвования, а также при финансовой поддержке фабриканта Н.Я. Шатрова и обер-прокурора Священного Синода К.П. Победоносцева. В 1886 году строительные работы были приостановлены из-за болезни попечителя, но в 1890 году возобновлены. Основные строительные работы завершены к 1894 году.
27 сентября 1898 года храм был освящен в честь Святителя Николая. Архитектурное решение представляет собой сочетание элементов русского стиля и эклектики. Вблизи основного храма располагался зимний молитвенный дом с тем же посвящением.
В 1937 году храм был закрыт советскими властями. Реставрационные работы начаты в 1990 году, первое богослужение после долгого перерыва совершено в 1991 году. К 1993 году завершены все ремонтные и художественные работы. В 1990-е годы храм временно носил имя пророка Божия Илии.
11 июля 2013 года при храме учреждено архиерейское подворье, которое 3 октября того же года получило официальное наименование в честь Николая Угодника, что соответствовало первоначальному посвящению. Храм включен в реестр объектов культурного наследия регионального значения (Рег. № 731610642210005).
