Первоначально все постройки монастыря были деревянными. В 1598 году обитель значительно пострадала от пожара, уничтожившего, в частности, церковь во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы. Во время польско-литовской интервенции начала XVII века монастырь был разграблен, но впоследствии восстановлен. В XVII веке монастырь вновь подвергся пожару, после чего был приписан к Ростовскому Яковлевскому монастырю. В 1784 году монастырь был упразднён, а его соборный храм преобразован в приходскую церковь.
В 1801 году на месте прежнего деревянного храма была возведена каменная пятиглавая церковь с колокольней. Главный престол был освящён в честь святителя Николая Чудотворца, а приделы — во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы и Сретения Господня. Впоследствии были добавлены престолы в честь пророка Илии и Сретения Господня.
