Село Микряково, основанное в XVIII веке, стало центром духовной жизни для местного населения. В 1880 году на средства прихожан была возведена деревянная церковь, освященная в честь святителя Николая Чудотворца. Архитектурно храм представлял собой традиционное для того времени деревянное здание с одной главой и колокольней, расположенной над притвором.
В период советской власти, в 1930-х годах, храм был закрыт, а его здание использовалось для различных хозяйственных нужд, что привело к утрате многих архитектурных элементов и внутреннего убранства. В последующие десятилетия здание церкви пришло в запустение и постепенно разрушалось.
В конце XX века, с изменением государственной политики в отношении религии, местные жители инициировали процесс восстановления храма. В 1990-х годах здание было возвращено Русской Православной Церкви, после чего начались реставрационные работы. Восстановление осуществлялось на средства прихожан и пожертвования благотворителей. В ходе работ были воссозданы утраченные архитектурные элементы, включая колокольню и внутреннее убранство храма.