Село Малое Шемякино было основано в XVIII веке. В 1889 году в селе была открыта Никольская церковь, ставшая центром духовной жизни местного населения. Подробные сведения о причинах строительства, инициаторах и архитекторах храма в доступных источниках отсутствуют.
Архитектурные особенности храма не детализированы в имеющихся материалах. Предположительно, церковь была выполнена в традиционном для того периода стиле, характерном для православных храмов сельской местности.
В советский период многие религиозные сооружения подверглись закрытию или перепрофилированию. Информации о судьбе Никольской церкви в Малое Шемякино в этот период не обнаружено. Возможно, храм прекратил свою деятельность, а здание использовалось в иных целях или пришло в упадок.
В настоящее время данные о функционировании храма Николая Чудотворца в селе Малое Шемякино отсутствуют. Предположительно, здание либо не сохранилось, либо находится в нерабочем состоянии.