Село Кугульта было основано в 1817 году переселенцами из Курской губернии. На первом сходе жители приняли решение о строительстве церкви. В последующие годы в селе были возведены несколько храмов, включая Казанскую церковь (1839), деревянную Поветскую, Калганскую (староверческую) и Гуковскую церкви. Из всех этих храмов до наших дней сохранился только Никольский храм.
Строительство храма Святителя Николая Чудотворца началось в 1909 году. Финансирование осуществлялось за счёт пожертвований местных жителей и благотворителей. Строительство завершилось в 1913 году, в год празднования 300-летия дома Романовых. Освящение храма состоялось 14 октября 1913 года епископом Михаилом Александровским, вторым викарием Ставропольской епархии .
Архитектурно храм выполнен в эклектичном стиле с элементами русского архитектурного наследия. Особенностью является наличие двенадцати куполов, что придаёт зданию уникальный облик. Согласно местному преданию, архитектором храма была женщина, однако достоверных сведений об этом не сохранилось.
После революции 1917 года храм столкнулся с трудностями. В 1921 году он был ограблен, и значительная часть церковной утвари была утрачена. В 1930-х годах храм был закрыт и использовался как зернохранилище. Тем не менее, местные жители продолжали проводить службы в сторожке. Благодаря усилиям прихожан и обращению к властям, в храме были возобновлены богослужения. Некоторые иконы были сохранены местными жителями и возвращены в храм в 1990-е годы .
В 2000 году началась реставрация храма. В 2001 году были заменены все 12 куполов, обновлена покраска здания и установлены мраморные порожки. Также была создана аллея крестов, установленных изначально на куполах во время реставрации .
